Arrêt maladie auto-entrepreneur : comment ça fonctionne ?

Quelles sont les conditions pour bénéficier des indemnités ?

Au titre de leur protection sociale, les auto-entrepreneurs ont droit à des indemnités journalières en cas d'arrêt maladie. Elles visent à compenser la perte de revenu sur une période d’interruption temporaire de travail.

Pour les micro-entrepreneurs artisans et commerçants

Les auto-entrepreneurs exerçant une activité artisanale ou commerciale relèvent de la Sécurité sociale des indépendants (SSI). Pour percevoir des indemnités journalières, ils doivent :
●    Être affiliés depuis au moins un an à la SSI.
●    Avoir déclaré un revenu d’activité annuel moyen supérieur à 10 % du Plafond Annuel de la Sécurité sociale (PASS) des trois dernières années, soit 4383,20 euros en 2025 ².
●    Avoir un arrêt de travail prescrit par leur médecin, constatant leur incapacité à continuer leur activité pour cause de maladie. L’activité doit cesser durant l’arrêt.

Vous ne remplissez pas les conditions d’affiliation ou de revenu minimum au titre de votre activité de micro-entrepreneur ? Vous pouvez demander des indemnités journalières par maintien des droits de votre activité précédente.

Les conditions sont identiques en cas d’accident du travail.

Pour les auto-entrepreneurs en profession libérale non réglementée

●    Les micro-entrepreneurs affiliés à la SSI (régime général) perçoivent des indemnités journalières pour maladie dans les mêmes conditions que les artisans ou commerçants ³ .
●    depuis la Loi de financement de la Sécurité sociale pour 2021 ^4, les micro-entrepreneurs relevant de la CIPAV (par exemple, les architectes, ostéopathes, guides-conférenciers, etc.) en bénéficient aussi.

Pour les micro-entrepreneurs salariés

Si un auto-entrepreneur cumule son activité avec un emploi salarié, il bénéficie des indemnités journalières du régime général de la Sécurité sociale pour son activité salariée. Son activité auto-entrepreneuriale ne lui ouvre aucun droit supplémentaire.

Comment calculer ses indemnités journalières en tant qu’auto-entrepreneur ?

Le montant des indemnités dépend des revenus perçus en tant qu’auto-entrepreneur. 

Attention, il ne s’agit pas du chiffre d’affaires. Pour calculer le revenu d’activité moyen, il faut appliquer un abattement forfaitaire au chiffre d’affaires.
●    71 % pour les activités BIC de vente.
●    50 % pour les activités BIC de prestations de service.
●    34 % pour les activités BNC.

Imaginons un auto-entrepreneur avec une activité de prestation de service (BIC). Il a déclaré un chiffre d’affaires de 30 000 € par an au cours des trois dernières années.
●    Abattement forfaitaire applicable : 50 % (pour les prestations de service BIC).
●    Revenu annuel après abattement : 30 000 € × 50 % = 15 000 €.
●    Revenu d’activité moyen sur trois ans : 15 000 €.

La règle de calcul des IJ maladie pour les micro-entrepreneurs est simple : 

Montant de l’indemnité journalière = 1/730e du revenu d’activité annuel moyen

Un exemple ? Si un micro-entrepreneur a généré 18 000 euros de revenu moyen annuel sur les trois dernières années, ses indemnités journalières seront de :
18 000 / 730 = 24,65 euros par jour

Le saviez-vous ?  Il existe un plafond maximal d’indemnité journalière. Le montant maximal de l’IJ versée s’élève à 64,52 € bruts en 2025.

Les indemnités ne sont versées qu’après un délai de carence de 3 jours, sauf en cas de prolongation d’arrêt ou de fausse couche.

Comment déclarer un arrêt maladie en micro-entreprise ?

La déclaration doit être effectuée dans un délai de 48 heures auprès de l’Assurance Maladie.

●    Si le médecin transmet directement l’arrêt de travail via son téléservice, l’auto-entrepreneur conserve uniquement le volet 3 du document. Il n’a rien d’autre à faire.
●    Si l’arrêt est délivré sous format papier, les volets 1-2 doivent être adressés à la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) pour les affiliés à la Sécurité sociale des indépendants (SSI). 

Attention ! En cas de retard, un premier rappel est adressé au travailleur indépendant. Un deuxième retard est susceptible d’entraîner une réduction, voire une suppression des indemnités.
Pour suivre l’avancement du dossier, il est recommandé de consulter son espace personnel sur Ameli.fr. 

Quelle est la durée de l’indemnisation d’un micro-entrepreneur ?

La durée des indemnités journalières dépend du régime d’affiliation.

Pour les auto-entrepreneurs affiliés à la Sécurité sociale des indépendants

Ils peuvent percevoir des indemnités journalières pendant :
●    90 jours (dans une limite de 360 jours sur une période de 3 ans) en cas d’arrêt maladie pour une ou plusieurs pathologies distinctes.
●    90 jours en cas de temps partiel thérapeutique, permettant de reprendre progressivement l’activité.
●    Jusqu’à 3 ans en cas d’affection de longue durée (ALD) ou de soins de longue durée (SLD), si la pathologie est reconnue comme nécessitant un suivi médical prolongé.

Pour les auto-entrepreneurs affiliés à la CIPAV

Les professions libérales réglementées relevant de la CIPAV bénéficient d’une indemnisation plus restreinte.
●    La durée maximale d’indemnisation est limitée à 90 jours par arrêt maladie.
●    Avec le délai de carence de 3 jours, cela revient à 87 jours indemnisés au maximum.

Le contrat de prévoyance : pour une meilleure indemnisation de l’auto-entrepreneur

Les indemnités versées par l’Assurance Maladie ne permettent pas de maintenir un niveau de vie correct en cas d’arrêt prolongé. En plus d’une bonne mutuelle, souscrire un contrat de prévoyance peut compenser cette perte de revenus.
Il peut couvrir :
●    Un versement plus élevé en complément des indemnités de la Sécurité sociale.
●    Une indemnisation dès le premier jour d’arrêt, sans délai de carence.
●    Une protection étendue, comme les accidents de la vie courante, voire certaines pathologies non couvertes par l’Assurance Maladie.

Le contrat de prévoyance est particulièrement recommandé pour les auto-entrepreneurs dont l’activité représente la seule source de revenus. En cas d’arrêt prolongé, il constitue une sécurité financière précieuse pour éviter de mettre en péril l’entreprise. C’est la garantie de pouvoir préserver son niveau de vie.

Les 3 points à retenir : 
●    L’indemnisation des auto-entrepreneurs est soumise à plusieurs conditions.
●    Le montant comme la durée des indemnités varient selon les revenus du micro-entrepreneur et le régime d’affiliation.
●    Un contrat de prévoyance est fortement recommandé pour sécuriser son activité.

1. https://secu-independants.fr/files/live/sites/ssi/files/mediatheque/Espace_telechargement/Etudes/SSI-TI-protection-sociale-en-chiffres-2023-version-synthetique.pdf 
 2. https://www.ameli.fr/assure/remboursements/indemnites-journalieres-maladie-maternite-paternite/arret-maladie-artisans-commercants 
 3. https://www.ameli.fr/assure/remboursements/indemnites-journalieres-maladie-maternite-paternite/arret-maladie-artisans-commercants 
 4. https://www.lacipav.fr/sites/default/files/2022-01/Guide%20pratique%202022%20-%20Auto-entrepreneurs%20-%20La%20Cipav_0.pdf