Budget 2026 : ces mesures qui pénalisent les start-up

Le moment était très attendu au vu de la crise politique qui touche le pays. Le gouvernement a dévoilé mardi 14 octobre en Conseil des ministres le projet de loi de finances (PLF) et le projet de loi de financement de la Sécurité sociale (PLFSS) 2026. La French Tech, dont les levées de fonds et les sorties (fusions-acquisitions et introductions en Bourse) sont au plus bas depuis 2020, est concernée par les restrictions budgétaires.

Le statut de « jeune entreprise innovante » (JEI), qui permet de bénéficier d'exonérations sociales et fiscales, est de nouveau touché. Le nouveau PLFSS resserre les critères d'éligibilité. Le taux de dépenses de R&D minimum pour obtenir ce statut passe de 20 à 25 %. Il se rapproche ainsi du taux des deeptechs, ces start-up qui développent des innovations de rupture (quantique, spatial…) qui est de 30 %.

Ce passage à 25 % va donc réduire le nombre de start-up éligibles (elles sont environ 4.500 à avoir ce statut). « On s'attendait à de la stabilité sur le JEI, grince un bon connaisseur de l'écosystème. C'est le contraire, on a de l'instabilité d'année en année. »

L'IR PME touché

Pour le budget 2025, un amendement du gouvernement avait été déposé afin d'augmenter le taux de dépenses de R&D de 15 à 20 %. Une hausse qui avait fait grincer des dents l'écosystème. « Enormément de boîtes se situent entre 17 % et 19 % », indiquait à l'époque un spécialiste du secteur.

Autre ajustement qui touche la French Tech : la réduction d'impôt IR-PME (ou « réduction Madelin »). L'article 8 du PLF vise à « concentrer son effet pour le financement en fonds propres et assurer sa pleine conformité avec le droit européen ». Concrètement, la réduction d'impôt IR PME en indirect (via des fonds communs de placement dans l'innovation, FCPI) va s'éteindre à la fin de l'année.

Les fonds de capital-risque ne pourront donc plus lever de FCPI en 2026. « Cet ajustement tire les conséquences de l'évaluation conduite par l'Inspection générale des finances en 2023, qui concluait en particulier à la faible contribution du dispositif, dans son volet intermédié via des FCPI, aux levées de fonds du capital-investissement », est-il précisé dans l'article. France Digitale, lobby des start-up françaises, va proposer un amendement pour le proroger. A noter que l'IR PME en direct reste en place, tout comme l'IR JEI (direct et indirect), jusqu'en 2028.

Rester vigilant

La taxe Zucman, qui visait les patrimoines supérieurs à 100 millions et qui avait électrisé la French Tech, n'a pas été intégrée dans le budget 2026. En revanche, une taxe de 2 % sur le patrimoine financier, visant les actifs des holdings, est proposée pour « faire échec aux stratégies de contournement de l'impôt par la thésaurisation de revenus non distribués », indique le PLF.

« Nous allons voir s'il n'y a pas des zones d'ombre qui puissent impacter l'investissement en capital-risque. Le diable est dans les détails », indique Maya Noël, directrice générale de France Digitale. « On va rester vigilant sur ce qui va venir. Ce ne serait pas étonnant de voir raboter des niches fiscales », poursuit la dirigeante.

A ce stade, le crédit impôt recherche (CIR) n'a pas été touché. Le lobby français souhaiterait en revanche réintroduire l'avantage « jeunes docteurs », qui permet de déclarer deux fois la rémunération des jeunes titulaires d'un doctorat pendant leurs deux premières années de contrat. Il avait été supprimé dans le PLF 2025.

Selon une étude du collectif JDCIR publiée en juillet 2025, la suppression de ce dispositif a particulièrement touché les jeunes entreprises « fortement innovantes » de moins de 10 salariés. « Les données recueillies montrent que plus de 80 % des entreprises interrogées déclarent avoir revu à la baisse leurs prévisions de recrutement scientifique », est-il indiqué dans l'étude. Environ 46 % des entreprises font état d'une réduction directe de leurs budgets R&D, 12,8 % ont déjà mis fin à des contrats de jeunes docteurs depuis la suppression du dispositif et 14,7 % l'envisagent.

Par Charlie Perreau (Les Echos). Publié le 15 octobre 2025.