La comptabilité de l’auto-entrepreneur (micro-entrepreneur)

Quelles sont les obligations comptables d’un auto-entrepreneur ?

En plus d’exercer votre activité économique, vous devez gérer votre entreprise. Sur le plan social, fiscal et comptable, retenez 6 obligations simples à respecter en tant qu’auto-entrepreneur :

    Ouvrir un compte bancaire dédié à votre microentreprise
    Facturer vos clients en bonne et due forme
    Déclarer vos recettes et payer vos cotisations chaque mois, ou trimestre
    Tenir un livre des recettes et un registre des achats
    Conserver vos documents comptables pendant 10 ans
    Payer la CFE (cotisation foncière des entreprises) une fois par an (deux fois en cas d’acompte) – vous pouvez être exonéré la 1ère année

En principe, l’auto-entrepreneur bénéficie du régime de la franchise en base de TVA. Cependant, au-delà de certains seuils de chiffre d’affaires ou en cas d’option pour un régime réel de TVA, l’auto-entrepreneur y est assujetti. Dans ce cas, une obligation comptable supplémentaire s’impose : déclarer et payer la TVA. Il faut aussi penser à conserver vos factures d’achats professionnels pour en déduire la TVA.

Ni bilan comptable à réaliser, ni comptes annuels à déposer au RCS (Registre du Commerce et des Sociétés), ni notes de frais à établir… les obligations comptables de l’auto-entrepreneur sont plus simples et rapides à remplir que pour une société : vous pouvez gérer votre comptabilité vous-même. Voici des conseils pour optimiser la tenue de votre comptabilité d’auto-entrepreneur.

Il vous est aussi possible de faire appel à un expert-comptable si vous le souhaitez.

 – 1. Ouvrir un compte bancaire professionnel

Il est important de comprendre la subtilité : non, vous n’êtes pas obligé d’ouvrir un compte professionnel, mais oui, vous avez l’obligation d’avoir un compte dédié à votre activité d’auto-entrepreneur dès que votre chiffre d’affaires (CA) annuel dépasse 10 000 € deux années de suite.

=> Quelle est la différence entre un compte personnel et un compte professionnel ?

En général, les frais de fonctionnement sont supérieurs avec un compte pro. En contrepartie, vous pouvez bénéficier de services supplémentaires, notamment dans le cadre de packages : autorisations de découvert, carte Visa Business … Chaque banque propose des formules différentes, à des prix différents.

Compte perso ou compte pro ? Contactez votre conseiller pour choisir la formule la plus avantageuse en fonction de votre profil et de votre activité.

– 2. Respecter les règles de facturation

L’obligation d’émettre des factures dépend de la nature de votre activité d’auto-entrepreneur :

• En B2B, vous facturez obligatoirement chaque client pour chaque vente de produit ou de service.
• En B2C, la facturation n’est obligatoire que dans 3 cas de figure : vente en ligne, prestation de service d’un montant supérieur à 25 € TTC, et livraison intracommunautaire exonérée de TVA. 
• Vous devez aussi émettre une facture sur demande du client, bien entendu.

Lorsque vous facturez, vous devez faire figurer les mentions obligatoires : 
-    nom et adresse de l’entreprise
-    n° de Siret
-    date et numéro de facture
-    désignation du bien ou du service
-    prix unitaire HT et TTC
-    prix total TTC… 

Pour vous assurer d’être en règle en matière de facturation :

• Choisissez un modèle de facture fiable, et réutilisez le même à chaque nouvelle facture – en étant attentif à modifier les informations nécessaires. Service-public.fr et l’Urssaf fournissent gratuitement des modèles conformes. Les logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneurs proposent également des modèles de facture.
• À moins d’être assujetti à la TVA, veillez à porter la mention spécifique aux auto-entrepreneurs « TVA non applicable, art. 293 B du CGI ».
• Indiquez une date ou un délai de paiement, et n’oubliez pas de mentionner l’indemnité forfaitaire de 40 € en cas de retard de paiement, ainsi que les éventuelles pénalités de retard. À défaut, vous ne pourrez légitimement exiger ces pénalités.

Si vous ne respectez pas les règles de facturation, vous pouvez être condamné à une amende jusqu’à 75 000 €, et 150 000 € en cas de récidive dans un délai de deux ans. Le défaut de facturation, les factures de complaisance ou fictives ainsi que les omissions ou les inexactitudes dans les factures peuvent aussi donner lieu à des sanctions fiscales. Il s’agit d’une amende à hauteur de 50 % du montant de la facture. L’amende est réduite à 5 %, et plafonnée à 37 500 € par exercice, si la transaction a été comptabilisée. En outre, une amende de 15 € par mention obligatoire manquante est également encourue, le montant total de cette amende ne pouvant excéder le quart du montant de la facture.

À partir du 1er septembre 2026, les microentreprises devront pouvoir recevoir les factures électroniques. Il ne s’agit pas d’une simple facture dématérialisée, c’est un nouveau format de facture transféré via de nouveaux procédés. 
À partir du 1er septembre 2027, les auto-entrepreneurs devront non seulement recevoir mais aussi émettre des factures électroniques. 
Restez alerte à propos de l’obligation de facturation électronique !

– 3. Déclarer son chiffre d’affaires à l’Urssaf

Le régime micro-social de l’auto-entrepreneur est simplifié : vous payez vos cotisations sociales chaque mois ou chaque trimestre, à hauteur d’un pourcentage de votre chiffre d’affaires (CA). Il n’y a aucune régularisation, ni cotisation minimale forfaitaire. Vous encaissez, vous reversez une partie et le reste constitue votre revenu net avant impôt sur le revenu (IR).

Voici ce que vous devez savoir en matière de déclaration de CA et de paiement des cotisations sociales :

• Déclaration et paiement : tout se fait en ligne sur le site de l’Urssaf. Veillez à y créer un compte professionnel dès la création de votre microentreprise.
• La fréquence par défaut est mensuelle, mais vous pouvez opter pour une fréquence trimestrielle, puis renoncer à cette option. 

Attention, l’option vaut pour une année civile et doit être annulée le 31 octobre au plus tard. Pour toute demande en ce sens, contactez l’Urssaf via la messagerie sécurisée de votre compte en ligne. 

Notez que conserver la fréquence mensuelle par défaut facilite la gestion de trésorerie.

•  Vous déclarez votre CA au cours du mois suivant le mois concerné. Vous déclarez votre CA de décembre au plus tard le 31 janvier, par exemple. Vous recevez un e-mail de la part de l’Urssaf pour vous notifier l’échéance. Un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur, de même, peut être paramétré pour notifier les échéances.
• Vous avez l’obligation de faire une déclaration, en indiquant 0 € de CA, même si vous n’avez rien encaissé pendant le mois.
• Vous déclarez le montant encaissé, et non le montant facturé. Cela vous permet de payer des cotisations sociales uniquement sur de l’argent que vous avez effectivement reçu. 

Vous êtes assujetti à la TVA ? Veillez à déclarer votre CA hors taxes.

• Le montant de vos cotisations est calculé automatiquement, et prélevé sur le compte en banque de votre choix.

« Attention ! Certaines banques ne permettent pas de payer les cotisations sociales d’auto-entrepreneur avec un compte personnel, auquel cas vous devez ouvrir un compte professionnel. »

Ne pas déclarer son CA expose l’auto-entrepreneur à de lourdes sanctions pécuniaires, de plusieurs milliers d’euros.

« Si vous avez oublié une déclaration, ou si vous êtes en retard, contactez sans délai l’Urssaf et expliquez les raisons de votre oubli. L’administration a une certaine tolérance, et peut accepter de lever les pénalités si vous rétablissez immédiatement la situation. »

– 4. Tenir un livre des recettes et un registre des achats

Les auto-entrepreneurs qui ont une activité libérale ne sont concernés que par le livre des recettes. Les auto-entrepreneurs qui exercent une activité commerciale ou d’hébergement ont l’obligation de tenir un livre des recettes et un registre des achats. 

Cette obligation comptable à la charge de l’auto-entrepreneur est relativement simple. Il suffit d’acheter les documents dans une papeterie, de les créer au format numérique sur Excel ou à partir de modèles en ligne, ou d’utiliser les supports ad hoc d’un logiciel de comptabilité. Ensuite, vous vous imposez de remplir une fois par jour les colonnes requises (montant encaissé, origine, mode de paiement, référence de facture).

Voici 2 astuces à connaître :

• Calculez le total de vos recettes tous les 3 mois.
• Vous n’êtes pas obligé d’inscrire chaque vente de produit ou de service. Pour tous les produits et services à un prix inférieur à 76 €, contentez-vous d’ajouter les montants et d’inscrire le total en fin de journée. 

Découvrez à quoi ressemblent un livre de recettes et un registre des achats.

Quelle sanction à défaut de livre des recettes ? Si vous ne tenez pas votre comptabilité d’auto-entrepreneur, vous ne risquez aucune sanction. La falsification des documents comptables en revanche est lourdement sanctionnée, par une amende et par une peine de prison. Tenir consciencieusement vos registres s’avère très utile en cas de contrôle fiscal : toutes les opérations et les flux financiers sont clairement consignés, vous êtes capable de répondre aux questions de l’administration sans perdre de temps.

Quels sont les délais de conservation des documents comptables ?

Livre des recettes, registre des achats, factures, relevés bancaires : conservez tous les documents comptables de votre microentreprise pendant 10 ans à compter de la clôture de l’exercice comptable concerné.

• Le format électronique est idéal à des fins de stockage et d’archivage : vous gagnez de l’espace et vous pouvez organiser efficacement vos documents. Pour limiter le risque de perte de documents comptables, en cas de panne, de changement d’équipement ou de piratage, optez pour un stockage dans le cloud.

Comment choisir un logiciel de comptabilité adapté aux auto-entrepreneurs ?

Pour choisir un logiciel de comptabilité qui vous conviendra sur le long terme, posez-vous les questions suivantes :

• Quel volet de votre comptabilité d’auto-entrepreneur souhaitez-vous digitaliser et automatiser avec un logiciel ? Il existe des logiciels qui gèrent simplement la facturation, et des logiciels très complets qui embarquent des fonctionnalités avancées pour faciliter chaque obligation comptable de l’auto-entrepreneur. Exemple : des logiciels puissants sont capables d’automatiser les déclarations à l’Urssaf, d’intégrer les données de votre compte bancaire pro ou encore de gérer votre TVA.
• Est-ce que le logiciel est facile à utiliser ? Regardez les différentes interfaces et tableaux de bord, et assurez-vous que le design vous plaît et que les commandes semblent intuitives. Idéalement, faites un essai gratuit ou demandez a minima une démonstration.
• Est-ce qu’une version gratuite du logiciel de comptabilité existe, et vous conviendrait-elle ? Le prix est un critère de choix important. Les logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneurs proposent pour la plupart des petits prix (10 € par mois en moyenne), adaptés aux spécificités du régime de la microentreprise.
• Que valent l’assistance et le service client ? Chaque éditeur de solution vend nécessairement ses mérites. Pour vous faire une idée réaliste, consultez les avis en ligne sur les plateformes telles que Trustpilot. Ces avis en ligne vous garantissent en outre que le logiciel est fiable, c’est-à-dire conforme aux normes comptables des auto-entrepreneurs.

Vous voulez anticiper l’obligation de facturation électronique ? Regardez comment le logiciel traite cette future réglementation.

« Privilégiez un logiciel spécial auto-entrepreneurs, pour éviter de se perdre dans les subtilités comptables complexes des autres entrepreneurs. Il peut être utile, en outre, de choisir une solution en mode SaaS, pour plus de souplesse. La plupart des éditeurs proposent des solutions SaaS, ce qui facilite les recherches ! »

Comparatif des logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneurs

Factures et registres peuvent tout à fait être édités sur une suite bureautique de type Microsoft ou Google Docs Editors. Un tableur Excel ou Google Sheets, en effet, suffit à enregistrer ses recettes. C’est une solution à envisager en début d’activité, ou lorsque le nombre de clients – et de transactions – de l’auto-entrepreneur est faible.

Pour faciliter et agrémenter sa comptabilité, l’auto-entrepreneur peut utiliser un logiciel plus performant. Au-delà des préoccupations d’ordre pratique, ce type d’outil est utile pour piloter sa gestion et sa trésorerie en microentreprise. En 2024/2025, les classements des meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur citent en priorité dans le top 5 :

• Indy
• Abby
• Freebe
• Comptalib
• Macompta.fr

Est-il nécessaire de faire appel à un comptable pour un auto-entrepreneur ?

Il n’est pas obligatoire, ni nécessaire, de faire appel à un expert-comptable en tant qu’auto-entrepreneur. L’expertise de ce professionnel toutefois est parfois très utile : 
-    dépassement des seuils de la microentreprise
-    passage de la microentreprise à entreprise individuelle ou société commerciale, entrée en vigueur de l’obligation électronique… 

Vous pouvez consulter à un expert-comptable à ces occasions.